17 października 1616 przeniesiony na stolicę biskupią do Krakowa. Ingres do katedry odbył 3 czerwca 1617. Za jego rządów pojawiły się w Krakowie dwa nowe żeńskie zgromadzenia zakonne SS Dominikanek i Prezentek. Przy klasztorze Franciszkanów założył Arcybractwo Męki Pańskiej i wybudował dla niego kaplicę. W 1621 zwołał synod diecezjalny, w 1625 złożył w Stolicy Apostolskiej raport o stanie diecezji. W 1624 roku ufundował kościół - sanktuarium św. Karola Boromeusza na wzgórzu Karczówka pod Kielcami, gdzie w 1630 r. osadził zakon bernardynów.
Przeciwnik reformacji, odzyskał z rąk protestantów 37 kościołów. W katedrze wawelskiej ufundował konfesję św. Stanisława, pod którą później został pochowany. W katedrze zachował się pomnik biskupa z czarnego marmuru autorstwa Giovanni Trevano.
Zobacz też Ród Ostojów (Mościców) Mikołaj Szyszkowski Kościół katolicki w Polsce Polscy biskupi katoliccy
Bibliografia Antoni Julian Nowowiejski, Płock.