Po wojnie dokończył studia chemiczne i wstąpił do elitarnego Imperial College of Science w Londynie ze specjalizacją: paliwa rakietowe. Doktorat obronił w 1947 roku. Po otrzymaniu stypendium na Massachusetts Institute of Technology przeniósł się z rodziną do USA i zamieszkał pod Bostonem. W 1949 roku studia na amerykańskiej uczelni zwieńczył kolejny doktorat.
W Kalifornii Werner pracował w firmie Aeroproject Corporation w Sacramento produkującej paliwo do rakiet balistycznych typu Polaris i Minuteman. Pracował również nad silnikiem lądownika księżycowego Eagle, dla którego opracował specjalne paliwo. Po misji Apollo 11 zakończonej pierwszym w dziejach lądowaniem człowieka na Księżycu, Werner Kirchner został członkiem kilku prezydenckich komisji naukowych. Był również ekspertem NASA do spraw wahadłowców.
Na początku lat 70. został prezesem firmy Coast Pro-Seal Teledyne prowadzącej badania na rzecz przemysłu kosmicznego, a w 1978 roku założył własną firmę Kirchner Industries zajmującą się zastosowaniem komputerów w procesach produkcyjnych.
Pasjonował się także szermierką i w latach 50. został mistrzem Zachodniego Wybrzeża w szabli.