Kariera sportowa 2005–2008 Pierwsze starty międzynarodowe Fernández rozpoczął karierę juniorską w sezonie 2005/2006, gdy zdobył tytuł wicemistrza Hiszpanii juniorów. Rok później został mistrzem Hiszpanii juniorów i zajął czwarte miejsce na Zimowym Olimpijskim Festiwalu Młodzieży Europy 2007 w hiszpańskim mieście Jaca. Ponadto zadebiutował 28. miejscem na mistrzostwach Europy 2007 w Warszawie oraz 35. miejscem na mistrzostwach świata 2007. W kolejnym sezonie zajmował 13. miejsce na mistrzostwach świata juniorów 2008 oraz poprawiał swoje rezultaty na mistrzostwach Europy (17. miejsce) i świata (30. miejsce).
2008–2011 Debiut olimpijski i treningi u Morozowa W 2008 roku Fernández pojechał na letni obóz treningowy do Andory, gdzie jego talent łyżwiarski został dostrzeżony przez rosyjskiego trenera Nikołaja Morozowa, który w 2006 roku doprowadził Shizukę Arakawę do mistrzostwa olimpijskiego. Morozow zaproponował Fernándezowi miejsce w jego grupie szkoleniowej w Stanach Zjednoczonych bez pobierania opłat za treningi. 17-letni Javier przyjął ofertę Morozowa bez konsultacji z rodzicami.