thumb|Fernández z trenerem Orserem na Rostelecom Cup 2011 Od kolejnego sezonu, 2011/2012, Javier nieprzerwanie zdobywał 7 tytułów mistrza Hiszpanii z rzędu, zaś zmiany w podejściu do treningów sprawiły, że po raz pierwszy stanął na podium zawodów z cyklu Grand Prix, zdobywając srebrne medale na Skate Canada International 2011 i Rostelecom Cup 2011. Stając na podium w Kanadzie, został pierwszym hiszpańskim medalistą zawodów z tego cyklu. Wysokie miejsca w tych zawodach zapewniły mu także pierwszą kwalifikację do finału Grand Prix, również jako pierwszemu Hiszpanowi w historii. Podczas finału w kanadyjskim Quebecu zdobył brązowy medal, przegrywając z Kanadyjczykiem Patrickiem Chanem i Japończykiem Daisuke Takahashim ustanawiając przy tym rekordy życiowe i skacząc czysto aż dwa poczwórne skoki. Javier był jednym z pretendentów do tytułu na mistrzostwach Europy 2012 w Sheffield. Jednakże ze względu na ból uda oraz szyi, po programie krótkim zajmował dopiero czwarte miejsce. Ostatecznie zakończył zawody na 6. miejscu, głównie z powodu problemów z wylądowaniem potrójnych axli i potknięciach przy innych skokach. Na mistrzostwach świata Fernández poprawił swoje miejsce z poprzedniego roku i zajął 9. miejsce.
thumb|Pierwszy tytuł mistrza Europy (2013)