Łyżwy odzyskał dopiero dzień przed zawodami, ale nie przeszkodziło mu to w zostaniu pierwszym hiszpańskim mistrzem Europy, pokonując przy tym Francuza Florenta Amodio i Czecha Michala Březinę. Na kończących sezon mistrzostwach świata w kanadyjskim London zdobył brązowy medal za Kanadyjczykiem Patrickiem Chanem i Kazachem Dienisem Tienem, choć po programie krótkim zajmował miejsce siódme, zaś jego program dowolny był czwarty w klasyfikacji.
Sezon olimpijski 2013/2014 rozpoczął od brązowego medalu na Rostelecom Cup 2013 i piątego miejsca na NHK Trophy 2013, przez co nie awansował do finału cyklu. Z kolei na mistrzostwach Europy w Budapeszcie obronił tytuł, zdobywając drugi złoty medal z rzędu. Na Zimowych Igrzyskach Olimpijskich 2014 w Soczi był chorążym reprezentacji Hiszpanii podczas ceremonii otwarcia igrzysk. Tuż przed igrzyskami media obiegły słowa Fernándeza: „lepiej, żeby homoseksualiści trochę mniej się z tym obnosili na igrzyskach” opublikowane przez gazetę El Mundo w których odniósł się do braku tolerancji dla homoseksualistów w Rosji. Jego słowa zostały pozbawione kontekstu w przekazie medialnym, przez co został oskarżony o homofobię.