działał w Czchowie zbór unitariański, a przez pewien czas mieszkał też przywódca ruchu, włoski reformator religijny oraz twórca doktryny religijnej Braci Polskich, Faust Socyn.

Na początku XVII w. w Czchowie urodził się artysta malarz Florian Benedyktowicz, osiadły później i zmarły w Nowym Sączu w 1649.

Od połowy XVII w. rozpoczął się upadek znaczenia i bogactwa miasta. Przyczyną były zmiany szlaków handlowych, wylewy Dunajca, zwiększane świadczenia na rzecz króla i starostwa oraz klęski wojenne. W 1662 r. z 10 łanów, na których osadzone było miasto, pozostało po powodziach sześć, a liczba mieszkańców wynosiła 500 osób. W 1690 po zniszczeniach powodziowych pozostało 36 domów. Dawny zameczek stracił swe wojskowe znaczenie, pełniąc już tylko rolę więzienia.

Po I rozbiorze Polski Czchów znalazł się w zaborze austriackim. Od 1782 r. znajdował się w cyrkule bocheńskim. Przejście Czchowa pod administrację cesarską, a w 1781 w ręce prywatne (rodziny Benoe), nie zahamowało upadku miasta. W wydanej po raz pierwszy w 1786 r. „Geografii (...) Galicyi i Lodomeryi” jej autor, Ewaryst Andrzej, hrabia Kuropatnicki, pisał z pewną nostalgią o Czchowie: Miasto powiatowe niegdyś.