Mobilizacja batalionu 5 batalion saperów był jednostką mobilizującą. W 1939 sformowanymi jednostkami były: w mobilizacji alarmowej: batalion saperów typ I nr 65 dla Armii „Kraków” pluton mostowy 4-tonowy nr 65 dla Armii „Kraków” batalion saperów typ IIb nr 6 dla 6 Dywizji Piechoty batalion saperów typ IIb nr 21 dla 21 Dywizji Piechoty zmotoryzowana kompania saperów nr 51 dla 1 Brygady Strzelców Górskich (weszła w skład GO „Śląsk”) – dowódca kpt. inż. Edward Sarosiek samodzielna kompania saperów nr 75 dla 55 Dywizji Piechoty (rezerwowej) – dowódca kpt. Czesław Wójtowicz rezerwowa kompania saperów nr 151 dla Armii „Kraków” – kpt. sap. rez. inż. Zdzisław Rychlik †19 IX 1939 Stary Zamość rezerwowa kompania saperów nr 152 dla Armii „Kraków” pluton parkowy saperów nr 51 pluton parkowy saperów nr 52 pluton parkowy saperów nr 53 lekka kolumna pontonowa typ I nr 151 skład kolumny: 2 plutony po 60 mb mostu nośności 5 lub 8 ton na pontonach stalowych razem 120 mb mostu. 3 oficerów, ok. 250 podoficerów i saperów. ponadto kolumna posiadała ok.