Końcem 1993 zostało powołane Miejskie Przedsiębiorstwo Komunikacyjne Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością w Tarnowie. Prawnie działa od 1 stycznia 1994. 100% udziałów objęła Gmina Miasta Tarnowa. Początek lat 90. XX wieku przyniósł wzrost bezrobocia, zmiany gospodarcze, rozwój transportu indywidualnego. Mniejsza ilość pasażerów oraz niechęć okolicznych gmin do partycypowania w komunikację publiczną przyczyniła się do likwidacji znacznej większości linii podmiejskich. W mieście też modyfikowano linie. Wraz z rozpoczęciem funkcjonowania Wojewódzkiego Szpitala im. św. Łukasza przy ul. Lwowskiej utworzono linię łączącą osiedle Koszyckie z nowy szpitalem.
W latach 1997–1998 z pomocą miasta zakupiono 29 nowych autobusów: 22 Jelcze 120MM/1, 3 Jelcze 120MM/2 i 4 niskopodłogowe Many NL222. Siedziba firmy przeszła kompleksową komputeryzację. W 1998 roku firma wzbogaciła się o myjnie wieloszczotkową z obiegiem zamkniętym. Zakupiono 8 autobusów Volvo B10M Wiima. W 2000 spółka zakupiła 2 niskopojemnościowe autobusy Jelcz L100I. Od 1 stycznia 2001 organizację komunikacji przejął Zarząd Komunikacji Miejskiej w Tarnowie (dzisiaj ZDiK). W ten sposób MPK stało się firmą wykonującą zlecenia ZKM.