W 1978 roku po wielu rundach negocjacji powołano „rząd jedności narodowej”. Na jego czele stanął Hissène Habré. Rząd szybko upadł, a w 1980 roku ponownie doszło do walk wewnętrznych. Starły się między sobą siły popierane z jednej strony przez Libię, z drugiej przez Francję. Dzięki interwencji wojsk libijskich wygrały je ugrupowania sprzyjające temu państwu. W 1981 roku ogłoszono plan zjednoczenia obu państw. Projekt spotkał się z ostrą krytyką Francji, państw sąsiadujących z Czadem oraz licznych ugrupowań wewnątrz kraju. W rezultacie wojska libijskie zostały zmuszone do opuszczenia Czadu. W 1982 roku rebelianci dowodzeni przez Hissené Habré (wspierani przez Francję oraz Stany Zjednoczone) zdobyli stolicę kraju i zmusili urzędującego prezydenta, sojusznika Libii, Goukouniego Oueddeia, do ucieczki. Po objęciu władzy Habré prowadził walkę z okupującymi Strefę Aouzou Libijczykami.
W 1987 roku armia czadyjska dzięki pomocy francuskiej zdołała zmusić Libijczyków do opuszczenia Strefy Aouzou (wojna toyot). Rządy Habré charakteryzowały się masowym stosowaniem tortur i egzekucji, w których zginęło ponad 40 tysięcy osób. Masowy terror i dyktatorskie rządy sprowokowały kolejny zamach stanu, który miał miejsce w 1990 roku.