W 1877 roku rozpoczęto budowę kościoła, który 28 września 1879 roku został poświęcony pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, przez dziekana leskiego ks. Jana Tomaniewicza. 23 listopada 1889 roku została erygowana parafia, z wydzielonego terytorium parafii Hoczew. W 1915 roku podczas frontu kościół został uszkodzony i zginął ks. Jan Peszek. W 1930 roku oddano do użytku murowany Dom KatolickiAndrzej Barzycki Dzieje Parafii Baligród w latach 1872-1939 KUL, Lublin 1989Z dziejów kościoła w BaligrodzieRocznik Archidiecezji Przemyskiej 1997. Album (s. 425-426) .
6 sierpnia 1944 roku bandy UPA dokonały mordu na 42 osobach, w domach i wychodzących z kościoła. Wierni, którzy z ks. Józefem Miezinem zostali w kościele ocaleli.
W 1953 roku podczas wędrówek po Bieszczadach, kościół w Baligrodzie odwiedził ks. Karol Wojtyła.
W latach 1997–2001 zbudowano nowy murowany kościół, pw. Miłosierdzia BożegoBaligród. Kościół Miłosierdzia Bożego.
Na terenie parafii jest 1 840 wiernych (w tym: Baligród – 1 389, Bystre – 39, Jabłonki – 126, Kołonice – 119, Stężnica – 167)Rocznik Archidiecezji Przemyskiej 2015 (s. 173) .
Proboszczowie parafii: