W latach 1940–1944 na plebanii urządzono posterunek ukraińskiej policji. W trakcie nadejścia frontu wschodniego 22 września 1944 podczas radzieckiego ataku lotniczego spłonął kościół i plebania. W latach 1944–1957 nabożeństwa parafialne odbywały się w kaplicy klasztornej sióstr Nazaretanek pw. św. Teresy od Dzieciątka Jezus. W latach 1948–1950 zbudowano obecny kościół, według projektu arch. Władysława Podwapińskiego. 7 lipca 1957 roku kościół został poświęcony.
We wrześniu 1952 i sierpniu 1953 roku, dwukrotnie w Komańczy msze święte odprawiał ks. Karol Wojtyła podczas wędrówek turystycznych z młodzieżą.
Od 29 października 1955 do 28 października 1956 roku w klasztorze Nazaretanek był internowany prymas Stefan Wyszyński.
Na terenie parafii jest 495 wiernych (w tym: Komańcza – 380, Dołżyca – 40, Prełuki – 9, Radoszyce – 75)Rocznik Archidiecezji Przemyskiej 2015/2016 (s. 289–290) .