Już na początku niemieckiej okupacji w Różopolu w odwecie za śmierć 4 Niemców po łapance wykonano egzekucję na 18 osobach. Zwłoki do dzisiaj znajdują się we wspólnej mogile na cmentarzu w Ślesinie. Od 1969 roku stoi tam pomnik upamiętniający poległych. Na ścianie domu przy pl. Wolności 13 w Ślesinie (mieścił się tu posterunek żandarmerii niemieckiej i areszt) wmurowano tablicę ku czci osób pomordowanych jesienią 1939 roku oraz w latach 1942-1943. Rodzima ludność pochodzenia polskiego musiała opuszczać swoje domy i pracować w obozach pracy.
Podczas II wojny światowej w mieście znajdował się obóz pracy przymusowej dla Żydów.
Podczas okupacji niemieckiej Ślesin znalazł się na terenach włączonych do III Rzeszy, w tzw. okręgu Rzeszy – Kraj Warty (Warthegau), w rejencji inowrocławskiej, pod nazwą Sleszyn. 20 stycznia 1945 roku do Ślesina wkroczyły oddziały Armii Czerwonej.
Czasy PRL 13 października 1948 roku w mieście wybuchł pożar, który strawił 10 domów. Po 1953 roku miasteczko zaczęło przeżywać coraz szybszy wzrost gospodarczy i kulturalny.