Marsylia ma połączenie linią kolei dużych prędkości TGV z wieloma ośrodkami miejskimi położonymi na północ od miasta, m.in. z Paryżem, Lyonem, Nîmes i Valence (poprzez linie LGV Méditerranée-LGV Rhône-Alpes-LGV Sud-Est). Dodatkowo planowana jest linia szybkiej kolei z Marsylii, poprzez Niceę i Cannes do Włoch, która ma zastąpić obecną linię kolejową Marseille – Ventimiglia. Do 2019 roku kursowały tędy międzynarodowe pociągi dużych prędkości Eurostar, których trasy zostały czasowo ograniczone ze względu na Pandemię COVID-19.
Kursują tędy także pociągi regionalne, przewoźników: oraz .
Najważniejszym dworcem jest Gare de Marseille-Saint-Charles. Inne stacje kolejowe to m.in. Gare de Marseille-Blancarde, Gare de La Pomme czy Gare de Saint-Marcel.
Komunikacja miejska
Komunikacja miejska w Marsylii: Metro obejmujące dwie linie o łącznej długości 21,5 km i mające 30 stacji Sieć tramwajowa obejmująca trzy linie o łącznej długości 15,8 km i mająca 40 przystanków obejmująca 119 linii obsługujących całe miasto i przedmieścia. Ponadto uruchomiono trzy linie szybkiej komunikacji autobusowej. Głównym dworcem autobusowym jest . kursujące od maja do września. Ponadto kursują też . Publiczny system wypożyczania rowerów mający 130 stacji i 1000 rowerów Kolej regionalna (zob.