Jako generalny protektor kościołów reformowanych podjął ożywioną działalność dyplomatyczną. Za dyplomację u Henryka IV odpowiedzialni byli Filip Duplesis-Mornay i Franciszek de Ségur-Pardaillan. W 1582 Filip II Habsburg bezskutecznie próbował namówić Henryka do wsparcia planów hiszpańskiej inwazji na południową Francję. W marcu 1582, za zgodą Henryka, Małgorzata na zaproszenie matki opuściła dwór męża i wróciła do stolicy. Wypędzona z dworu przez brata w sierpniu 1583, ponownie wróciła do męża w kwietniu 1584.
11 czerwca 1584, po śmierci Franciszka d’Anjou, Henryk został – zgodnie z prawem salickim – oficjalnym następcą Henryka III. Rozpoczęły się pertraktacje na temat zmiany wyznania przez króla Nawarry. Prawa tego ostatniego kwestionował jego stryj, kardynał Karol de Bourbon, popierany przez Świętą Ligę. We wrześniu 1584 papież Sykstus V ogłosił Henryka wrogiem Świętej Wiary i pozbawił go królestwa Nawarry – papieska decyzja nie wywołała większej reakcji ze strony Francuzów. W 1585 rozpoczęła się ósma wojna religijna. Na przełomie 1586 i 1587 Henryk prowadził bezowocne negocjacje pokojowe ze swoją teściową Katarzyną Medycejską. 20 października 1587 pod Coutras rozbił silną armię katolicką, dowodzoną przez Anne’a diuka de Joyeuse, który poległ w bitwie.