Henryk IV urodził się na zamku w Pau w Górnej Nawarze. Został ochrzczony w marcu 1554, a jego rodzicami chrzestnymi byli dziad po kądzieli, Henryk d’Albret, i stryj, kardynał Karol de Bourbon. Jako noworodek Henryk otrzymał tytuły diuka de Beaumont i księcia de Vianne. W maju 1555 zmarł Henryk d’Albret i królestwo Nawarry przypadło jego córce i zięciowi – w ten sposób Henryk IV został następcą tronu Nawarry. Otrzymał przy okazji tytuł księcia Bearnu. Guwernantką Henryka została Zuzanna de Miossens; wczesne dzieciństwo spędził na należącym do Miossensów zamku Coarraze.

W lutym 1557 w Paryżu został przedstawiony królowi Francji Henrykowi II. Ten żartował, że w małym Henryku widziałby swojego zięcia – w tym czasie jedyną wolną córką francuskiego króla była Małgorzata de Valois. Gdy w 1558 roku Antoni de Bourbon ze swoją żoną Joanną udali się do Paryża na ślub delfina Franciszka i szkockiej królowej Marii Stuart, regentem Nawarry został czteroletni syn Henryk. W grudniu 1559 towarzyszył ojcu, który odprowadzał do Hiszpanii królewnę Elżbietę de Valois, narzeczoną króla Filipa II Habsburga.