Król Nawarry 3 października 1569 brał udział w przegranej bitwie pod Moncontour. Rok później dowodził udaną szarżą wojsk protestanckich pod Arna-le-Duc. Wojnę zakończył układ z Saint-Germain-en-Laye, zawarty w lipcu 1570; w poufnych klauzulach wspominano o planie zaślubin Henryka z Małgorzatą de Valois. Po zakończeniu wojny Henryk z matką i siostrą udał się do Bearnu. Przez cały rok 1571 Joanna d’Albret i Katarzyna Medycejska prowadziły negocjacje w sprawie ślubu swoich dzieci. W styczniu 1572 Joanna udała się w tym celu do Paryża; Henryk pozostał w Bearnie. W kwietniu 1572 podpisano kontrakt ślubny. 23 maja 1572 Henryk opuścił Bearn i odbył trwającą aż półtora miesiąca podróż do Paryża; według legendy długi pobyt w zamku w Nérac spowodowany był romansem z piękną córką ogrodnika.
Zanim dotarł do Paryża, 9 czerwca 1572 zmarła jego matka. Henryk odziedziczył po niej królestwo Nawarry. Do stolicy dotarł 8 lipca. Datę ślubu odwlekano ze względu na brak dyspensy papieskiej, ostatecznie ze względu na zwłokę papieża problem zignorowano. Zaręczyny odbyły się 17 sierpnia, ślub – 18 sierpnia. Małżeństwa Małgorzacie i Henrykowi udzielił stryj pana młodego – kardynał Karol de Bourbon, którego okłamano, że dyspensa jest w drodze.