Ogółem przez dwa sezony Zé Elias wystąpił w Interze w 53 meczach (33 w lidze, 11 w europejskich pucharach oraz 9 w Pucharze Włoch) i strzelił 4 bramki (2 w europejskich pucharach oraz 2 w Pucharze Włoch). W sezonie 1999–2000 występował w FC Bologna, w której rozegrał 19 meczów ligowych. W 2000 roku przeszedł do Olympiakosu Pireus. W Pireusie występował przez 3 lata i zdobył trzy tytuły mistrza Grecji w 2001, 2002 i 2003 roku.
W 2003 roku powrócił do Włoch do drugoligowej Genoi. Latem 2004 roku powrócił do Brazylii do Santosu FC. W Santosie zadebiutował 29 sierpnia 2004 w zremisowanym 4-4 meczu z Cruzeiro EC. Z Santosem zdobył mistrzostwo Brazylii 2004. 13 listopada 2005 w przegranym 0-4 meczu z SC Internacional Zé Elias po raz ostatni wystąpił w lidze brazylijskiejSantos 0 X 4 Internacional, em 13/11/2005: Campeonato Brasileiro 2005 – Futpédia.. Ogółem w lidze brazylijskiej rozegrał 87 meczów i strzelił 3 bramki. W styczniu 2006 Zé Elias wyjechał do ukraińskiego Metałurha Donieck. Był to nieudany transfer, gdyż Zé Elias po kilku tygodniach wrócił do Brazylii do Guarani FC.
W sezonie 2006–2007 występował w cypryjskiej Omonii Nikozja. W latach 2007–2008 występował w Londrinie EC.