W 1620 za rządów Hieronima Ossolińskiego wzniesiony został pałac opacki zwany "Opatówką", a trzydzieści lat później opat Zbigniew Ossoliński odnowił kościół oraz wybudował na skrzyżowaniu naw potężną sygnaturkę (wykonaną w 1678 przez krakowskiego mistrza Michała Pfafa), przypominającą odwrócony do góry dnem kielich. W drugiej połowie XVII wieku przeprowadzone zostały pod nadzorem opata Krzysztofa Skotnickiego ostatnie przed kasatą, gruntowne prace modernizacyjne nadające klasztorowi elementy barokowe, w tym istniejącą do dziś, a zaprojektowaną przez jezuitę ks. Józefa Karśnickiego, fasadę kościoła. W 1819 władze carskie wydały dekret kasacyjny klasztoru, wprowadzony w życie przez władze Królestwa Polskiego.
Po sekularyzacji Po kasacie opactwa – staraniem biskupa sandomierskiego Prospera Burzyńskiego w 1821 – kościół klasztorny został przejęty przez diecezję i pełni od tego czasu funkcję świątyni parafialnej. Mimo kasaty klasztoru cystersi pozostali w Koprzywnicy, aż do śmierci ostatniego z nich. Ze względu na niekorzystanie z budynków klasztornych, ich stan uległ szybkiemu pogorszeniu. Doprowadziło to w konsekwencji do rozebrania większości zabudowań klasztornych, przy czym głównym celem było pozyskanie materiału budowlanego. Dużych zniszczeń doświadczyły zabudowania opactwa w czasie wojen.