Odkrycie stosunkowo dobrze zachowanej puszki mózgowej – zniszczonej u holotypu – i połączonego z nią niekompletnego szkieletu pozaczaszkowego pozwoliło na dokładniejsze zbadanie osteologii i pozycji filogenetycznej Estesia. Analiza przeprowadzona przez Gao i Norella (1997) wsparła hipotezę o bliższym pokrewieństwie tego rodzaju z helodermami niż z waranami. Kolejna analiza, wykonana przez Lee (1997), umiejscowiła Estesia w politomii z Helodermatidae, Gobidermatidae oraz kladem obejmującym wszystkie pozostałe Varanoidea, m.in. Varanidae, mozazaury i węże. Termin Varanoidea w definicji Gao i Norella odnosi się do znacznie mniej obszernego kladu, który prawdopodobnie nie obejmuje Monstersauria, a tym samym również Estesia. Ze wstępnej analizy kladystycznej przeprowadzonej przez Yi i Norella (2010) wynika, że Estesia jest najbardziej bazalnym przedstawicielem kladu Varaniformes (obejmującego wszystkie łuskonośne bliżej spokrewnione z Varanus varius niż z Heloderma suspectum lub Mosasaurus hoffmanni). Conrad i współpracownicy (w tym Norell) oraz sami Yi i Norell (2013) uznali później, że ten wynik może być rezultatem uwzględnienia przez Yi i Norella (2010) zbyt ograniczonej liczby taksonów – obie te analizy potwierdziły przynależność Estesia do Monstersauria.