Rodzaje i przykłady samoorganizacji Wyróżnia się: między- i wewnątrzcząsteczkową samoorganizację molekularną.
Wewnątrzcząsteczkowa organizacja powoduje zwykle przyjmowanie przez cząsteczkę określonego kształtu przestrzennego. Ma to kluczowe znaczenie w układach biologicznych, gdzie ściśle określony kształt przestrzenny cząsteczek decyduje o ich aktywności biologicznej. Przykładem takiego zjawiska jest zwijanie białka.
Najprostszym przypadkiem samoorganizacji międzycząsteczkowej jest zwykły proces spontanicznej krystalizacji przechłodzonej cieczy, po wrzuceniu do niej małego kryształka.
Bardziej złożonym przypadkiem jest samoorganizacja surfaktantów. Surfaktanty to cząsteczki o własnościach amfifilowych, tj. posiadające na jednym końcu grupę hydrofilową a na drugim hydrofobową. W mieszaninie wody z olejem tworzą one spontanicznie warstwę na granicy wody i oleju. Przykładem takiej warstwy jest np: dwuwarstwa lipidowa, która stanowi podstawowy budulec błony komórkowej.