W 1626, gdy dziesięciu mnichów z Monasteru Mgarskiego uciekło do Putywla, hierarcha bezskutecznie domagał się zmuszenia ich do powrotu, jak również zapewniał, że ich opowieści o prześladowaniach, jakim byli poddani, nie są zgodne z prawdą.
Metropolita kijowski Rywalizacja z Piotrem Mohyłą mały|Monaster św. Michała Archanioła o Złotych Kopułach Metropolita kijowski Hiob wskazał jako najodpowiedniejszego kandydata na swojego następcę archimandrytę Ławry Pieczerskiej Piotra Mohyłę. Mimo to po jego śmierci w marcu 1631 biskupi wybrali na urząd metropolity biskupa Izajasza. Duchowny przystąpił do sprawowania godności natychmiast, bez wymaganej zgody króla. Było to możliwe dzięki poparciu Kozaków i kijowskiego bractwa prawosławnego. Miało ono za złe Piotrowi Mohyle, iż zorganizował w Ławrze Pieczerskiej szkołę teologiczną niezależną od kijowskiej szkoły brackiej. Przy pomocy Kozaków Izajasz siłą zamienił kijowski monaster św. Michała Archanioła o Złotych Kopułach na swoją rezydencję. Jego intronizację przeprowadził jeden z hierarchów Patriarchatu Konstantynopolitańskiego goszczący na Ukrainie.