Gleby rezerwatu Las Piwnicki wyróżniają się dużą żyznością pomimo niskiej zawartości składników pokarmowych w skale macierzystej. Wynika to z biologicznej akumulacji związków pokarmowych w powierzchniowych poziomach glebowych oraz intensywnego obiegu ich w układzie: gleba – drzewostan – gleba (Prusinkiewicz, K. Biały – 1976 rok). Warunkiem trwania tego korzystnego zjawiska jest utrzymanie obecnego składu roślinności i stosunków wodnych. Istniejący układ warunków glebowo-siedliskowych jest szczególnie cenny dla badań nad produkcyjnością ekosystemów leśnych. Gatunkami panującymi w drzewostanach rezerwatu są: sosna pospolita, dąb bezszypułkowy i szypułkowy, grab pospolity, olsza czarna oraz brzoza brodawkowata i omszona. Z krzewów spotykać można: leszczynę pospolitą, berberys zwyczajny, bez czarny, czeremchę zwyczajną, dereń świdwę, kruszynę, trzmielinę pospolitą i brodawkowatą oraz tawlinę.
Większość drzewostanów posiada strukturę piętrową. Górne piętro tworzy sosna w wieku od 150 do 200 lat i dąb 250–300-letni. W piętrze dolnym występuje dąb i grab. Od kilkunastu lat występuje intensywne wydzielanie się starodrzewu sosnowego.