W 1840 w mieście miał miejsce drugi ogromny pożar, który zniszczył m.in. ratusz i kramy rzeźnicze zajmujące środek rynku. Po pożarze miasto zostało odbudowane jako ośrodek rzemiosła, powstał duży zakład kotlarski, fabryka cykorii i mleczarnia.
W 1856 wybudowano linię kolejową łączącą Poznań z Kościanem, natomiast w 1885 Czempiń zyskał połączenie drogą kolejową ze Śremem. Było to początkiem rozwoju przemysłu tak w Czempiniu, jak i na terenach przylegających do niego.