Przed 1592 rokiem założono przy ówczesnym Kazimierzu drugie miasto, zwane Nowym Miastem (Nowym Miasteczkiem) lub Krystynowem (Chrystynowem). Swoją egzystencję, jako samodzielny pod względem ustrojowym, organizm miejski, Krystynowo zakończyło po 1682 lub w 1729 roku, ponieważ taryfa podatku pogłównego z 1717 roku nie notuje z niego żadnego dochodu. Z kolei z Kroniki Bernardyńskiej wynika, że po pożarze z 1729 roku Krystynowo nie zostało odbudowane. Formalna likwidacja odrębności ustrojowej tego miasta mogła zostać dokonana w 1798 roku, kiedy to Prusacy przeprowadzili na ziemiach II zaboru zorganizowaną unifikację starych i nowych miast.
W 1598 roku powstało, przy kościele klasztornym, Bractwo św. Anny. Niedługo później założono także Bractwo Żywego Różańca. W kolejnych dekadach powstały: Bractwo Najświętszej Panny Marii (1689) oraz Bractwo Pięciu Braci Męczenników (1724).
Od XVI do XVIII stulecia w Kazimierzu wybuchały częste epidemie i pożary, dotkliwie dające się we znaki mieszkańcom. Zarazy nawiedziły miasto w 1552, 1595, 1606, 1624–1625 (kilkaset ofiar, wśród których znalazł się prawie 90-letni proboszcz Łukasz), 1630–1632, 1656, 1664, 1710 (epidemia objęła wówczas tylko klasztor) i w 1712.