Pod koniec sierpnia, w nocy, polskie oddziały oddaliły się w nieznanym kierunku, pozostawiając przygotowany do walki terenPublikacja TPJ „Wspomnienia Anny Pawłowskiej” – pamiętnik nauczycielki z Janikowa..
II wojna światowa mały|Tablica ku czci zabitych w nalocie na Janikowo W Janikowie na początku września 1939 pojawili się uchodźcy, którzy przybyli z Bydgoszczy (Wojsko Polskie w Bydgoszczy urządziło represje dla ludności niemieckiej po tym, jak nasiliły się ataki partyzanckie ze strony hitlerowców, dlatego część mieszkańców opuściła Bydgoszcz bojąc się odwetu po wkroczeniu Niemców). Wielu schroniło się w szkole (niedaleko od kościoła pw. św. Jana Chrzciciela w Janikowie). 2 września 1939 roku Niemcy zbombardowali tereny w okolicach cukrowni i dworca kolejowego w Janikowie. W nalocie zginęło 5 osób. Krótko po zrzuceniu bomb przez niemieckie samoloty Junkers Ju 87 do akcji wkroczyło polskie lotnictwo, któremu udało się strącić jeden z samolotów, jednak niemieckiemu pilotowi udało się dociągnąć maszyną za linie Wermachtu. Siły niemieckie zajęły miasto 9 września 1939 roku w godzinach porannych„Historia Cukrownictwa w Janikowie” TPJ Janikowo 2010 .. W ramach Intelligenzaktion (akcja inteligencja) po wkroczeniu Wermachtu zamordowano dyrektora janikowskiej szkoły Jana Wojciechowskiego i nauczyciela Adolfa Preza..