Przebieg operacji 1 września „Krait” opuścił zatokę Exmouth i skierował się na północ. Tuż po rozpoczęciu rejsu, w kutrze pękł wał śrubowy. Awaria została jednak usunięta dzięki pomocy amerykańskiego okrętu warsztatowego USS „Chanticleer”. Dzień później, prowizorycznie naprawiona jednostka (przepłynęła później 4000 mil), mogła kontynuować misję.
Po wciągnięciu mocno zużytej, japońskiej bandery, 8 września kuter sforsował cieśninę pomiędzy wyspami Bali i Lombok i wpłynął na Morze Jawajskie. Przez akwen ten kuter przepłynął bez żadnych trudności. 15 września „Krait” znalazł się w odległości 100 mil od Singapuru. 16 września jednostka przeszła w czasie sztormu niepostrzeżenie przez cieśninę Karimata i wpłynęła na wody archipelagu Riau i Lingga. Kuter płynący pomiędzy krętymi i wąskimi wysepkami archipelagu nie wzbudzał swoim wyglądem żadnych podejrzeń wśród załóg mijanych raz po raz łodzi tubylców. Postrzępiona japońska flaga powiewająca na rufie jednostki całkowicie usprawiedliwiała obecność odrapanego, wysłużonego kutra.