Podczas powstania w Wiedniu 12 października 1848 roku został wybrany na tymczasowego komendanta Gwardii Narodowej. Usiłował pośredniczyć między radykalnymi a umiarkowanymi stronnictwami powstańców. Po zdobyciu miasta przez feldmarszałka Alfreda Windisch-Grätz dobrowolnie stawił się na wezwanie komendanta miasta, mimo że mógł ratować się ucieczką, do czego go namawiano. Został aresztowany, skazany na śmierć przez doraźny sąd i rozstrzelany w fosie fortecznej. Nie zgodził się na zasłonięcie oczu i sam wydał rozkaz do strzału.
Jego narzeczoną była Valerie Peschkettel (zm. 1917), później zamężna za Andreasem Mikuliczem, ojcem Jana Mikulicza-Radeckiego. Jego szwagier Weidling po otrzymaniu wiadomości o śmierci Messenhausera podobno oszalał.
Był przychylny Polakom, interesował się polską historią i literaturą. Przetłumaczył na niemiecki Konrada Wallenroda (przekład ten jednak nie zachował się).
Część jego rękopisów przechowywana jest w wiedeńskiej Stadt- und Landesbibliothek i w Österreichische Nationalbibliothek.
Na jego cześć nazwano w Wiedniu ulicę (Wenzel-Messenhauser-Gasse). Poświęcono mu biografie i dramaty.