1 lipca 2000 MPK Kórnik przekształcono w KPA KOMBUS Sp. z o.o. W 2002 roku likwidacji uległa linia 4. 1 września 2003 na prośbę mieszkańców uruchomiono linię 13 z ronda Rataje przez Gądki i Borówiec do Kamionek. 15 września 2003 siedziba spółki została przeniesiona do Czołowa. Od 1 marca 2004 Kombus zaprzestał obsługi komunikacji w Śremie (przejął ją przewoźnik prywatny). We wrześniu 2004 zlikwidowano linię 9, a trasa linii 7 uległa zmianie (kurs do Tulec). 1 października 2004 linię 13 przedłużono do nowej pętli na ul. Platanowej w Kamionkach; odtąd kursowała z Borówca przez Koninko i Szczytniki (z pominięciem przejazdu przez Gądki). 1 lutego 2008 nastąpiła zmiana numeracji linii obsługiwanych przez KPA Kombus. Linię NB przemianowano na 501, 1 na 590, 2 na 560, 3 na 580, 5 na 502, 6 na 591, 7 na 592, 7/8 na 594, 8 na 593, 10 na 581, 11 na 582, 12 na 596, 13 na 503, M na 583 i R na 595. Linie kursujące do centrum Poznania (ul. św. Marcin) zostały skrócone do ronda Rataje. 1 czerwca 2008 uruchomiona została linia 597 z Rynku w Kórniku przez Skrzynki, Gądki do Żernik, a 1 lipca 2008 linia 561, będąca wariantem linii 560 kursującym z ronda Rataje przez Gądki, Kórnik, Biernatki, Prusinowo do Zaniemyśla. 1 sierpnia 2008 z powodu niskiej frekwencji zlikwidowano linię 597 do Żernik.