Pewne jest jednak, że proces przyjmowania prawosławia dokonał się najpóźniej w XV wieku, kiedy to w Petseri w 1473 roku wybudowano monaster Pskowsko-Pieczerski. Aare Hőrn, zajmujący się historią Seto, uważa iż silniejsze wpływy prawosławne pojawiły się w Setumaa w XIII wieku, kiedy to w pobliskim Izborsku powstała pierwsza cerkiew. Stamtąd duchowni wyruszali do innych części ziem zamieszkiwanych przez Seto, głosząc nową wiarę, która stopniowo wypierała pogańskie wierzenia. Nawrócenie na chrześcijaństwo nie przebiegało jednak szybko, stare tradycje okazały się bardzo silne. W XV wieku liczba prawosławnych zaczęła się znacząco zwiększać, a to za sprawą działalności wspomnianego wcześniej monasteru. W mniejszych miejscowościach cerkwie zaczęto budować w kolejnych stuleciach – XVII i XVIII. Na przełomie XVIII i XIX wieku do liturgii zaczęto wprowadzać język seto. Mimo iż większość ludzi była już wówczas ochrzczona, nadal praktykowano niektóre pogańskie obrzędy, nadając im jednak chrześcijański wydźwięk. W latach 20. i 30. XX wieku, na fali polityki estonizacji, wprowadzono język estoński jako liturgiczny, co sprzyjało zamierzeniom rządu w Tallinnie.