Od około 1895 roku zajmował się etiologią chorób psychicznych; był zwolennikiem teorii autointoksykacyjnej, w myśl której przyczyną zaburzeń umysłowych jest niestrawność lub próchnica zębów. W oparciu o zebrany przez siebie materiał kliniczny dowodził, że schorzenia zębów (np. zatrzymanie zębów trzonowych) mogą odpowiadać za objawy neurastenii, dementia praecox czy opóźnienia umysłowegoUpson HS. Nervous Dìsorders Due to the Teeth. A Preliminary Report]. Cleveland Journal of Medicine 6, s. 458 (1907)Upson HS. Painless Dental Disease as a Cause of Neurasthenia and Insanity. Cleveland Journal of Medicine 8, ss. 447-458 (1909). Podobne poglądy głosili także Lewis Bruce i Frank Billings, a w późniejszych latach Bayard Taylor Holmes i Henry Andrews Cotton.
Po jego śmierci staraniem wdowy i przyjaciół zmarłego utworzono Henry S. Upson Foundation, stawiającą sobie na cel dalsze badania nad związkiem schorzeń dentystycznych i chorób umysłowych. Pierwszym przewodniczącym został dentysta Edward C. KirkScientific Notes and News. Science 44 (1128) s. 201 (1916).