Pod koniec XIX wieku do miasta doprowadzono linię kolejową łączącą z Noworosyjskiem i Tichorieckiem, co przyczyniło się do wzrostu znaczenia Jekaterynodaru jako węzła transportowego i ośrodka handlowo-przemysłowego. Na początku XX wieku wybudowano liczne zakłady przemysłowe, m.in. zakłady obróbki metali, rafinerie i odlewnię żeliwa. W czasie rosyjskiej wojny domowej w rejonie miasta toczono zacięte walki, podczas nieudanej próby odebrania miasta czerwonym w kwietniu 1918 r. zginął gen. Ławr Korniłow. W latach 1918–1920 miasto było stolicą Kubańskiej Republiki Ludowej. W 1920 roku postanowieniem Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych RFSRR Jekaterynodar przemianowano na Krasnodar. Od 1937 roku miasto jest stolicą Kraju Krasnodarskiego.
Od sierpnia 1942 do lutego 1943 miasto było okupowane przez Niemców. Wielu Kozaków Kubańskich walczyło po ich stronie, część mieszkańców miasta kolaborowała z okupantem. Z tego powodu po wyzwoleniu przez Armię Czerwoną miały tu miejsce procesy oskarżonych o zbrodnie wojenne. Osiem osób powieszono publicznie na centralnym placu Krasnodaru.