W roku 1673 sejm nadał Kotowskiemu indygenat, to znaczy uzyskał on pełnię praw przysługujących szlachcie Rzeczypospolitej. W zamian wystawił on regiment dragonii na wyprawę chocimską i następnie bezterminowo go utrzymywał. Kilka lat później na wyprawę wiedeńską oddał do dyspozycji Jana III Sobieskiego sfinansowany przez siebie poczet husarski. Uzyskanie indygenatu pozwoliło Kotowskiemu na dalsze pomnażanie majątku i godności: został żupnikiem krakowskim, a w roku 1674 on i Wodzicki otrzymali dzierżawę żup w Bochni i Wieliczce oraz mazowieckich składów soli. W 1670 Kotowski uzyskał na trzy lata dzierżawę wielkorządców krakowskich, miał także udziały w kopalniach olkuskich. Oprócz tego jako szlachcic mógł piastować urzędy ziemskie – uzyskał liczne nadania królewskie oraz ziemskie dobra dziedziczne, położone głównie na terenie ówczesnych województw mazowieckiego i sandomierskiego.
W 1688, pod nieobecność Jana III i Marii Kazimiery, żona Adama, Małgorzata, witała przybywające z Paryża do Warszawy siostry sakramentki, sprowadzone do Polski za staraniem Marii Kazimiery.