Józefa przeniesiono w końcu do klasztoru Sacro Convento w Asyżu, gdzie przebywał w latach 1639–1653, a następnie do Pietrarubbii, gdzie przebywał do 1657 roku. Przez krótki czas przebywał również w klasztorach kapucynów.

Sława Józefa rozpowszechniała się, powodując jego kult tak we Włoszech, jak i w Europie. Odwiedzali go księża, zakonnicy, dostojnicy Kościoła, biskupi i kardynałowie, a także głowy koronowane. Wśród nich przyszły król Polski Jan II Kazimierz Waza, który, podobno, chcąc dowiedzieć się, czy kiedykolwiek zostanie królem, zapytał o to świętego w 1646 i uzyskał następującą odpowiedź: Ach, będziesz, ale ani tobie pożądanem, ani dla poddanych twych użytecznym królowaniemPodhorodecki Leszek, Wazowie w Polsce, Warszawa 1985, s. 336..

Zmarł w Osimo 18 września 1663. W krypcie tamtejszej bazyliki obecnie jego imienia, spoczywają jego relikwie.

W postaci św. Józefa teolodzy upatrywali przykładu mistyka, a współcześni widzieli w nim uosobienie św. Franciszka z Asyżu.

Pamięć Józefa z Kupertynu otoczona jest w Kościele katolickim kultem. Jego beatyfikacji dokonał 24 lutego 1753 roku papież Benedykt XIV, zaś kanonizował go 16 lipca 1767 roku Klemens XIII.