Od 1960 r. przedsiębiorstwa PKS były przyporządkowane wojewódzkim radom narodowym i działały w Zjednoczeniu Państwowej Komunikacji Samochodowej.. W Zjednoczeniu tym działały także Przedsiębiorstwo Międzynarodowych Przewozów Samochodowych „Pekaes” i Przedsiębiorstwo Spedycji KrajowejUchwała nr 23 Rady Ministrów z dnia 5 stycznia 1959 r. w sprawie organizacji przedsiębiorstw Państwowej Komunikacji Samochodowej i powołania Zjednoczenia Państwowej Komunikacji Samochodowej ()..
W latach 80. nastąpił pierwszy podział spółki na przedsiębiorstwa autobusowe (obsługujące ruch regionalny i w ograniczonym zakresie podmiejski, a w małych miastach miejski) oraz branżowe spółki zajmujące się przewozami samochodami ciężarowymi.
Zjednoczenie Państwowej Komunikacji Samochodowej uległo likwidacji 1 stycznia 1982 roku, tak jak wszystkie inne zjednoczenia.. W 1983 roku istniały w statusie samodzielnego przedsiębiorstwa państwowego następujące Przedsiębiorstwa Komunikacji Samochodowej w (we): Białymstoku, Bydgoszczy, Gdańsku, Katowicach, Kielcach, Koszalinie, Krakowie, Lublinie, Łodzi, Olsztynie, Opolu, Poznaniu, Rzeszowie, Szczecinie, Warszawie, Wrocławiu, Zielonej Górze., odpowiednio do dawnych 17 województw.