Kości nadgarstka i trzy kości śródręcza są połączone w carpometacarpus, cechę znaną wcześniej wyłącznie u zaawansowanych alwarezaurów i Avialae oraz przypuszczalnie awimima. Najbardziej nietypową cechą kończyn tylnych jest powiększony pierwszy palec, wśród celurozaurów znany jedynie u terizinozauroidów i zaawansowanych Avialae. Drugi palec stopy był największy i – podobnie jak u innych deinonychozaurów – zakończony zakrzywionym szponem, lecz pierwszy palec niemal dorównywał mu wielkością, a zwierzę mogło go zginać podobnie jak palec drugi.
Według analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Csikiego i współpracowników Balaur jest najbliżej spokrewniony z azjatyckim welociraptorem, co potwierdza hipotezę o wędrówkach zwierząt z Europy do Azji. Innymi przedstawicielami Velociraptorinae w analizie są Deinonychus, Tsaagan i Saurornitholestes. Zdaniem autorów nietypowe cechy balaura są wynikiem jego odizolowania na wyspie – w przeciwieństwie do wielu innych zwierząt mieszkających na wyspach Balaur nie był jednak mały lub prymitywny. Balaur osiągał rozmiary zbliżone do większości dromeozaurów.