Ten rząd będzie miał przed sobą dwa wielkie cele: chronić egzystencję narodu, której Niemcy będą zagrażać, i przeciwstawiać się demoralizacji, o co zapewne Niemcy się postarają. Te cele będzie można spełnić, jeśli rząd będzie do pewnego stopnia współpracował z Niemcami. To będzie niechciana współpraca, ale nie ma innego wyjścia, opór mógłby spowodować narodowe samobójstwoMariusz Surosz Pepiki. Dramatyczne stulecie Czechów Wydawnictwo W.A.B., Warszawa 2010 za: Ladislav Feierabend Ve vládĕ protektorátu, New York 1962, s. 35..
Premier nawiązał wkrótce kontakt z konspiracyjną organizacją Obrona Narodu, stając się członkiem rady starszych. Porozumiał się też z władzami emigracyjnymi E. Beneša. Za swoje podstawowe zadanie uznał ochronę żywotnych interesów narodu czeskiego w warunkach okupacji niemieckiej. Wielokrotnie interweniował u prezydenta Emila Háchy po licznych aresztowaniach przez Niemców. Nawet złożył dymisję, ale E. Hácha jej nie przyjął. Zakazał mu tego również E. Beneš. Od 1941 r. niemieckie służby bezpieczeństwa podejrzewały A. Eliáša o tajne kontakty z konspiracją i władzami emigracyjnymi. 27 września 1941 r. aresztowało go Gestapo. Po procesie został skazany na karę śmierci przez rozstrzelanie. Wyrok wykonano wieczorem 19 czerwca 1942 r. na strzelnicy wojskowej w praskiej dzielnicy Kobylisy. W 1946 r.