Innym dziełem Berga, również przeniesionym z kościoła pofranciszkańskiego do katedry był imponujący ołtarz główny, powstały w latach 1515-1525, jeden z najcenniejszych tego typu zabytków na terenie Danii.
W grobowcu królewskim spoczywa także syn Jana i Krystyny, król Chrystian II Oldenburg i jego małżonka Izabela Habsburg.
W październiku 1536 król Chrystian III Oldenburski odgórnie wprowadził w Danii reformację, usunął dotychczasowych biskupów ze stanowisk i zajął dobra ziemskie Kościoła. Od tego momentu katedra stała się protestancka.
W 1586 zbudowano wieżę zachodnią. Wisi w niej obecnie pięć dzwonów.
W 1633 zbudowano kaplicę Valkendorfa, rozebraną w 1868 podczas gruntownej restauracji katedry.
W 1634 teolog i reformator Thomas Kingo został wybrany luterańskim biskupem Odense. Był on autorem wielu psalmów i hymnów kościelnych. Razem z Hansem Adolphem Brorsonem i Nikolaiem Grundtvigiem należy do największych psalmistów Danii.
W 1752 Amdie Worm zbudował w katedrze organy, w późniejszym czasie przebudowane.
Po restauracji katedry w latach 70. XIX w. ponownie otwarto zamkniętą od czasów reformacji kryptę z relikwiami św. Kanuta.