W 1900 roku zawarł związek małżeński z Kathariną Förtig (1879-1922), z którą miał dwóch synów – Rudolfa (1900-1971) i Walthera (1903-1927). Jego drugą żona była lekarka Jeanne Bilemeister (1903-1982). mały|Grób Johannesa Sobotty i jego drugiej żony na cmentarzu w Bonn W 1903 r. został profesorem nadzwyczajnym, w 1912 profesorem zwyczajnym anatomii topograficznej. W 1916 r. został dyrektorem Instytutu Anatomicznego Uniwersytetu Albrechta w Królewcu i profesorem na tamtejszej katedrze. W 1919 r. przeniósł się do Bonn, gdzie objął katedrę anatomii. W 1935 roku zmuszony przez władze nazistowskie do rezygnacji z pracy na uczelni i przejścia na emeryturę.

Zmarł w wieku 76 lat wskutek choroby nowotworowej, spoczywa na cmentarzu w dzielnicy Bonn – Poppelsdorfie.

Za jego najważniejsze dzieło uważa się wydany 1904 roku atlas anatomiczny dotychczas opublikowany w ponad 300 wydaniach i w 19 językach. Sobotta jest także autorem podręczników z zakresu histologii i anatomii mikroskopowej.

W 2000 roku jedna z ulic w Bonn została nazwana jego imieniem.