Pierwsze trafienie dla Atalanty przypadło na mecz z Novarą rozegrany 25 września.
31 stycznia 2013 pozyskany za ok. 5,8 mln euro plus połowa karty zawodniczej Marko Livai przez Inter Mediolan. W barwach Interu zadebiutował 3 lutego w przegranym 1:3 meczu ze Sieną, a pierwszą bramkę strzelił w swym trzecim spotkaniu dla Interu, podczas meczu z derbowego z Milanem 24 lutego 2013 r.
29 sierpnia 2013 został wypożyczony do US Sassuolo. Z Interu był też wypożyczany do Parmy oraz Chievo.
W 2015 roku odszedł do portugalskiego Sportingu. W sezonie 2015/2016 wywalczył z nim wicemistrzostwo Portugalii.
31 sierpnia 2017 podpisał trzyletni kontrakt z angielskim klubem Brighton & Hove Albion F.C.. W styczniu 2019 został wypożyczony do końca sezonu włoskiej drużynie AC ChievoVerona.
W lutym 2021 Ezequiel Schelotto powrócił do Argentyny i podpisał dwuipółletni kontrakt z Racing Club de Avellaneda. Następnie grał w CA Aldosivi oraz Deportivo Morón.
Schelotto w lipcu 2023 podpisał kontrakt z włoskim klubem Barletta 1922, który występuje w Serie D. Kontrakt będzie obowiązywał do końca czerwca 2024