Muzeum Anatomii, pełna nazwa Muzeum Katedry Anatomii Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego – największe i najstarsze w Polsce muzeum anatomii. Mieści się przy ul. Kopernika 12 w Krakowie w budynku Theatrum Anatomicum.
Historia Pierwsze eksponaty do muzeum zostały sprowadzone z Wiednia w 1803 roku. Było to 12 preparatów ludzkich kości i płodów. Kolekcja muzealna rozrastała się jednak szybko i w 1809 roku preparatów było już 66, by w 1835 roku osiągnąć liczbę 227. Początkowo preparaty były magazynowane w słojach napełnionych spirytusem, które przykrywane były zwierzęcymi pęcherzami i zawiązywane. Zbiory muzeum powiększały się szybko dzięki ofiarności mieszkańców Krakowa i odwiedzających muzeum, do których apelowano o zwożenie różnego rodzaju zwierząt – szczególnie egzotycznych. Podczas inwentaryzacji dokonanej w latach 60. XX wieku zbiory zostały określone na 1850 preparatów.