Pobyty w obozach koncentracyjnych i męczeńska śmierć thumb|180px|Tablica pamiątkowa w Holle 1 września 1939 roku został aresztowany i przewieziony wraz z grupą miejscowych Polaków (m.in. nauczycielkami polskiej szkoły w Ełganowie – Anną Burdówną i Kunegundą Pawłowską) do tymczasowego więzienia w Pruszczu Gdańskim. Więźniowie byli bici i przesłuchiwani. Księdza Wohlfeila fałszywie oskarżono o ukrycie karabinu maszynowego, nie zgodził się on jednak podpisać sfałszowanych zeznań. Prawdopodobnie 25 września 1939 roku ksiądz Wohlfeil został przewieziony do Zivilgefangenenlager Neufahrwasser w Nowym Porcie, którego więźniowie porządkowali teren Westerplatte. Księża osadzeni w obozie byli wielokrotnie katowani. 11 lutego 1940 roku ks. Wohlfeil został przeniesiony do obozu Stutthof. Wcześniej w Piaśnicy zginął brat księdza, również duchowny diecezji gdańskiej, Edmund. Komendant obozu Oswald Pohl kilkakrotnie bezskutecznie oferował ks. Wohlfeilowi zwolnienie z obozu w zamian za podpisanie volkslisty i porzucenie stanu duchownego. 19 kwietnia 1940 roku został wysłany do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. Zaraz po przybyciu do obozu oberscharführer SS Otto Bugdalle zauważył księdza, wyjął pistolet i nakazał mu odmówienie ostatniego w życiu „Ojcze nasz”. Jak wspomina więzień Brunon Zwarra: „Ksiądz się nie spieszył.