Chopina.
Do 9 grudnia 2012 linia podzielona była na dwa warianty: S3C, kursujący przez Warszawę Centralną łącząc Legionowo z Okęciem przez dworzec Warszawa Centralna S3S, kursujący przez przystanki: Warszawa Stadion, Warszawa Powiśle, Warszawa Śródmieście oraz Warszawa Ochota
Od 9 grudnia 2012 przebieg linii został ujednolicony, a nazwa została skrócona do S3.
Od 5 września 2016, w związku z remontem linii tramwajowej na Służewiec, zostały uruchomione dodatkowe pociągi na skróconej trasie Warszawa Służewiec - Warszawa Zachodnia.
Od 2 stycznia 2020 siedem par pociągów (trzy w szczycie porannym i cztery w popołudniowym) linii S3 zostało wydłużonych przez Nieporęt do Radzymina.
W grudniu 2024 skrócono kursowanie do stacji Legionowo. Na dalszym odcinku tę relację zastąpiły linie S4 i S40.
Stan obecny Obecnie (stan na lipiec 2025), pociągi linii S3 kursują na trasie Warszawa Lotnisko Chopina - Legionowo przez stację Warszawa Wschodnia oraz stację Warszawa Centralna (Metro M1).
Częstotliwość kursowania Linia kursuje całą dobę z 6 godzinną przerwą nocną.