W 1885 roku Charles Beresford został ponownie wybrany członkiem Parlamentu, powtarzając sukces w wyborach w roku następnym. Zrezygnował z pełnienia mandatu w 1888 roku. W latach 1886−1888 pracował również w Admiralicji, współdziałając między innymi w tworzeniu podstaw brytyjskiego wywiadu morskiego. Od 1889 roku powrócił do służby na morzu. W 1898 roku został promowany do stopnia kontradmirała (Rear Admiral) i ponownie wybrany do Izby Gmin, gdzie pracował do 1900 roku. Został wówczas mianowany zastępcą dowódcy Floty Śródziemnomorskiej. Jej dowódcą był John Arbuthnot Fisher. Obaj oficerowie czuli do siebie wzajemną niechęć, która powodowała nieustanny konflikt pomiędzy nimi i wkrótce urosła do poważnych rozmiarów.
Charles Beresford został ponownie członkiem Izby Gmin w 1902 roku, jednak zrezygnował z mandatu rok później, gdy został mianowany dowódcą (Channel Fleet) i promowany na admirała. W latach 1905−1907 dowodził Flotą Śródziemnomorską, zaś przez kolejne dwa lata ponownie Flotą Kanału. Tu znów skonfliktował się z admirałem Fisherem, wówczas Pierwszym Lordem Morskim Admiralicji, przeprowadzającym reformę organizacyjną Royal Navy.