są odnoszone z twarzy do fantomu w zorganizowany sposób (uporządkowanie somatopiczne).
Ramachadran używając magnetoencefalografii (MEG) udowodnił, że kiedy amputowane jest ramię zwolniony obszar korowy jest zajmowany przez neurony odpowiadające za stymulację twarzy, które normalnie dotyczyłyby tylko twarzy. Impulsy nerwowe z powierzchni twarzy mogą wtedy aktywować pierwotny obszar kory dłoni, co wyższe ośrodki mózgu interpretują jako aktywację fantomowej kończyny. Oznacza to, że mózg jest w wysokim stopniu elastyczny, a nie, jak dotąd wierzono, uformowany ostatecznie po urodzeniu.
Większość pacjentów z fantomatyczną kończyną ma wrażenie, że mogą nimi poruszać. Ale w niektórych przypadkach kończyna jest odczuwana jako sztywna lub „sparaliżowana”, często w skurczu powodującym ból. Ramachandran uważał, że takie wrażenie paraliżu może wynikać z tego, że za każdym razem, kiedy pacjenci usiłowali poruszyć kończyną fantomową, otrzymywali informację zwrotną (wzrokowo lub przez propriocepcję), że kończyna nie porusza się. Ta informacja utrwaliła się zgodnie z regułą Hebba w neuronach odpowiedzialnych za czucie kończyny. W wyniku tego, choć kończyna nie istniała, mózg odczuwał ją, ale jako sparaliżowaną. W celu przezwyciężenia tego wyuczonego paraliżu Ramachandran opracował tzw. terapię lustrzaną.