Aresztowany i internowany w obozie Moosburg został dopiero 18 lipca 1946 w związku z jego rolą w gospodarce wojennej Rzeszy. Po zwolnieniu, w styczniu 1948, w toku postępowania sądowego, został uznany tylko za wyznawcę – a właściwie ofiarę „owczego pędu” idei narodowosocjalistycznych, chociaż w czasach nazizmu piastował wiele ważnych stanowisk, zasiadając w radach nadzorczych takich firm jak Daimler-Benz, Deutsche Bank, AEG.
Według oceny Benjamina Ferenca, który pracował dla oskarżycieli w procesach norymberskich, on wraz z synem zostaliby oskarżeni, tak jak Alfried Krupp von Bohlen und Halbach, Friedrich Flick, oraz odpowiedzialni z IG Farben, jako główni oskarżeni, gdyby dostępne dzisiaj materiały dowodowe zostały wówczas przedłożone oskarżycielom. Decydujące dokumenty o działalności Quandtów w Trzeciej Rzeszy były władzom brytyjskiego sektora okupacyjnego znane. Brytyjczycy nie udostępniali ich jednak, ponieważ wiedzieli jak wielkie znaczenie będzie miała produkcja akumulatorów również po wojnie i chcieli chronić właścicieli produkujących je zakładów.
Günther Quandt zmarł 30 grudnia 1954 w czasie urlopu wypoczynkowego w Egipcie.