W międzyczasie wyszło jednak na jaw, że Beutel dopuszczał się malwersacji i korupcji na szeroką skalę.
Okazało się, że już w pierwszych dniach niemieckiej okupacji Warszawy Beutel zarekwirował sejf warszawskiego hotelu Savoy, który wypełnił zrabowanymi ludności cywilnej podczas kampanii wrześniowej dewizami i dobrami luksusowymi, a następnie przesyłał samolotem do Niemiec walizy wypełnione kosztownościami. 23 października 1939 został odwołany ze stanowiska szefa EG IV i zdegradowany do stopnia SS-mana przez Heinricha Himmlera za „kradzież własności państwowej”, a po kilku tygodniach aresztowany w Monachium i wysłany do obozu koncentracyjnego Dachau, skąd jednak po pewnym czasie został wypuszczony i powrócił do służby w SS. Jego miejsce zajął Josef Meisinger.
Podczas kampanii francuskiej Beutel walczył w szeregach Dywizji SS „Totenkopf”. W listopadzie 1940 został awansowany do stopnia SS-Hauptsturmführera. W 1944 został ponownie zmobilizowany w szeregi Waffen-SS. Odniósł rany podczas walk na Węgrzech. W czerwcu 1945 trafił do sowieckiej niewoli, w której przebywał do 1955. Po powrocie do Niemiec Zachodnich pracował jako aptekarz.