inspektorów oraz innych pracowników, ustalał plany kontroli, upoważniał inspektorów i pracowników do przeprowadzenia czynności kontrolnych, wydawał decyzje w sprawach określonych w ustawie o kontroli skarbowej, wydawał wyniki kontroli, dokonywał, w szczególnie uzasadnionych przypadkach, zmiany inspektora lub pracownika prowadzącego czynności kontrolne, mógł podawać do wiadomości publicznej zbiorcze informacje dotyczące działalności kontroli skarbowej na terenie objętym zasięgiem działania UKS.
Wydziałami kierowali naczelnicy, a pozostałymi komórkami organizacyjnymi – kierownicy lub koordynatorzy.
Dyrektor UKS sprawował nadzór nad pracą pracowników urzędu. Pracownicy komórek wywiadu skarbowego, w zakresie wykonywanych czynności operacyjno-rozpoznawczych, podlegali nadzorowi Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Dyrektora UKS powoływał, spośród kandydatów wyłonionych w drodze konkursu, i odwoływał minister właściwy ds. finansów publicznych, na wniosek GIKS. Wicedyrektorów UKS powoływał, spośród inspektorów kontroli skarbowej, i odwoływał GIKS, na wniosek dyrektora UKS.