Od 1565 do 1821 r. Filipiny były rządzone w ramach znajdującego się w Meksyku Wicekrólestwa Nowej Hiszpanii, zarządzanego później z Madrytu po meksykańskiej wojnie o niepodległość. Podczas swoich rządów Hiszpania stłumiła różne bunty, a także broniła się przed zewnętrznymi wyzwaniami militarnymi.
Siły brytyjskie okupowały Manilę w latach 1762–1764 podczas wojny siedmioletniej. Hiszpańskie rządy zostały przywrócone na mocy traktatu paryskiego z 1763 r. Hiszpanie uważali swoją wojnę z muzułmanami w Azji Południowo-Wschodniej za przedłużenie rekonkwisty. Konflikt z Moro trwał kilkaset lat. W ostatniej ćwierci XIX wieku Hiszpania podbiła części Mindanao i Jolo, a muzułmanie Moro w Sułtanacie Sulu formalnie uznali suwerenność Hiszpanii.
Andrés Bonifacio w 1892 roku założył wojownicze tajne stowarzyszenie o nazwie Katipunan, które szukało niezależności od Hiszpanii poprzez zbrojną rewoltę.