Doprowadziło to do znacznego wzrostu ubóstwa mieszkańców krajuWendy Khadijah Moore, Malaysia a Pictorial History 1400–2004, ed. Dianne Buerger and Sharon Ham (n.p.: Archipelago Press, 2004), s. 194.. Napięcia gospodarcze doprowadziły do konfliktów etnicznych między Malajczykami a Chińczykami, którzy przez tych pierwszych uważani byli za intruzów bogacących się na kryzysie..
W styczniu 1942 roku wojska japońskie zaatakowały Półwysep Malajski, rozpoczynając bitwę o Malaje. Mimo zaciekłego oporu sił brytyjskich, australijskich i indyjskich armia japońska do końca lutego opanowała półwysep oraz wyspę Borneo. Japończycy traktowali Malajów dość dobrze, przez co część malajskich urzędników i intelektualistów z nimi współpracowała. Większość sułtanów także działała razem z japońskim okupantami, choć później twierdzili, że robili to wbrew własnej woli. Japończycy stali się jednak niepopularni po tym, jak oddali Tajlandii cztery północne stany (Kedah, Perlis, Kelantan i Terengganu).