Pierwszy lot odbył się 4 maja 1993, a samolot wszedł do służby 17 listopada 1993 w barwach Cargolux Airlines.
747-400F może pokonać do 8240 km z ładunkiem o masie 113 000 kg. Jest to jedyny model cargo, który posiada duże boczne drzwi oraz otwierany nos, taka kombinacja pozwala na umieszczanie w nim zarówno wysokich (do 12 m), jak i bardzo długich ładunków. Ponadto w wyposażeniu wersji znajduje się zmechanizowany system załadunkowy. Od wersji pasażerskiej różni się zdecydowanie krótszym pokładem górnym.
Ogółem Boeing dostarczył 126 maszyn tego typu m.in. liniom: China Airlines, Singapore Airlines, Korean Air, UPS, Cathay Pacific Airways. Odbiorcą ostatniego egzemplarza był Nippon Cargo Airlines.
747-400M Boeing 747-400M to wariant pasażersko-towarowy. Tylna część samolotu to powierzchnia cargo, dlatego też – tuż za lewym skrzydłem znajdują się duże boczne drzwi, dopasowane do kadłuba.
Pierwszy lot został wykonany 30 czerwca 1989, a samolot wszedł do służby 12 września tego samego roku, w barwach KLM.
Boeing wyprodukował 61 maszyn tego typu, m.in. dla linii Kuwait Airways, EVA Air, Air China, Lufthansa i Air France. Ostatni egzemplarz trafił do KLM 10 kwietnia 2002.